Sebagai Bendahara Melaka yang berpengaruh, Tun Perak mempunyai kuasa untuk melantik raja Melaka. Lazimnya, beliau akan memilih raja yang mempunyai pertalian persaudaraan dengannya. Sebagai contoh, Sultan Alauddin Riayat Syah yang dilantik sebagai Sultan Melaka merupakan anak saudara beliau.

Tun Perak juga telah meletakkan Raja Muhammad, putera sulung Sultan Mansor Syah menjadi Raja Pahang tetapi bukan sebagai Sultan Melaka. Keputusan itu dibuat berikutan peristiwa Raja Muhammad membunuh Tun Besar, anak Tun Perak dalam satu permainan sepak raga.

Sultan Alaudin Riayat Syah pula mangkat pada 1488 dan lazimnya, putera sulung baginda, Raja Menawar akan dilantik sebagai raja tetapi baginda hanya dilantik sebagai Raja Kampar manakala putera Sultan Alaudin yang lebih muda yang juga merupakan cucu Tun Perak iaitu Raja Mahmud, telah dilantik sebagai Sultan Mahmud.

Beliau meninggal dunia pada tahun 1498 ketika pemerintahan Sultan Mahmud Syah setelah bernaung di bawah empat pemerintahan sultan iaitu Sultan Muzaffar Syah, Sultan Mansur Syah, Sultan Alauddin Riayat Syah dan Sultan Mahmud Syah. Setelah kematian beliau, baginda sultan melantik Tun Perpatih Putih, adik Tun Perak sebagai Bendahara Melaka yang ke-6.